生物制藥與細(xì)胞治療行業(yè)蓬勃發(fā)展，“細(xì)胞”不再僅是生產(chǎn)工具，更搖身一變成為了藥物。對(duì)于細(xì)胞的正確使用以及污染防控，也成為行業(yè)中重要且不可或缺的基礎(chǔ)工作。美德華生為客戶提供快速、準(zhǔn)確、客觀的細(xì)胞鑒定工作，通過案例，扎實(shí)分享我們?cè)诩?xì)胞鑒定服務(wù)工作中遇到的一些疑難問題，也幫助大家更理解自己手中的鑒定報(bào)告：人源細(xì)胞鑒定細(xì)胞與數(shù)據(jù)庫分型一致，但數(shù)據(jù)庫之間不一致怎么辦?

      疑案一：到底是不是RKO？
      問題描述：客戶委托的一株標(biāo)記為“RKO”的細(xì)胞，檢出分型和購買時(shí)鑒定書的分型基本一致，但和ATCC中RKO細(xì)胞(CRL-2577)的匹配度僅為79%(匹配峰個(gè)數(shù)/數(shù)據(jù)庫中所有峰個(gè)數(shù)=15/19)，按ATCC給出的細(xì)胞鑒定標(biāo)準(zhǔn)，當(dāng)56%≤匹配度<80%時(shí)需要進(jìn)一步厘清。
      
      由左至右分別為樣本檢出分型、ATCC數(shù)據(jù)庫和DSMZ數(shù)據(jù)庫比對(duì)結(jié)果中匹配度最高的細(xì)胞，紅字表示不匹配的分型
      鑒定結(jié)論：
      1、在各基因座沒有出現(xiàn)三等位現(xiàn)象，可以判定該株細(xì)胞不存在人類細(xì)胞交叉污染。
      2、與ATCC中 RKO(CRL-2577)細(xì)胞匹配度79%。
      3、在DSMZ中有與其100%匹配的細(xì)胞p53Rp [JHU-56](CRL-2781)。
      討論：既然這個(gè)細(xì)胞不存在交叉污染，且分型與RKO相近，那么的確很有可能是源自于RKO。
      我們到ATCC網(wǎng)站進(jìn)一步用細(xì)胞編號(hào)“CRL-2577”查詢RKO細(xì)胞說明書(specification)，發(fā)現(xiàn)其vWA基因座的分型稍有不同，為15，16，17，22（查詢ExPASy也為22）。如此一來，檢測樣本的STR分型就完全被包含在ATCC RKO細(xì)胞分型中。
      其次，在DSMZ中比中最高的p53R(CRL-2781)是什么細(xì)胞呢？經(jīng)ATCC網(wǎng)站查詢，發(fā)現(xiàn)CRL-2781這個(gè)編號(hào)細(xì)胞已經(jīng)“被下架”不復(fù)存在了。ExPASy網(wǎng)站顯示，p53R細(xì)胞來源于RKO（下圖）。而DSMZ比中次高匹配的是RKO(CRL-2577)，匹配度EV=0.92(34/37)。
      至此，我們可以給出的鑒定結(jié)論為：“進(jìn)一步厘清后，分型結(jié)果包含在 ATCC No. CRL-2577，RKO Colon CarcinomaHuman 中。在 DSMZ 數(shù)據(jù)庫中與 Cell No. CRL-2577 , RKO 細(xì)胞系匹配度(EV)為 0.92。認(rèn)為測試樣本來源于RKO細(xì)胞。”
      


      疑案二：是細(xì)胞污染還是細(xì)胞特性？
      問題描述：客戶委托的一株標(biāo)記為“803”的細(xì)胞，檢出分型和國家細(xì)胞庫協(xié)和細(xì)胞資源中心公布的“人胃癌細(xì)胞MGC-803”分型完全一致，但出現(xiàn)3個(gè)3等位基因座（下圖高亮標(biāo)識(shí)），并且在ATCC和DSMZ數(shù)據(jù)庫匹配到的細(xì)胞并非MGC-803，而是AV-3和HeLa.P3 ，匹配度分別為86%和0.72(EV)。那么，問題來了，這株細(xì)胞究竟能不能判定為人胃癌細(xì)胞MGC-803呢？
      
      由左至右分別為樣本檢出分型、NSTI、ATCC數(shù)據(jù)庫和DSMZ數(shù)據(jù)庫比對(duì)結(jié)果中匹配度最高的細(xì)胞，紅字表示不匹配的分型，黃色標(biāo)示檢出的三等位基因座
      鑒定結(jié)論：
      1、在3個(gè)基因座出現(xiàn)三等位現(xiàn)象，認(rèn)為該細(xì)胞株為人類細(xì)胞的混合物，存在人類細(xì)胞交叉污染。
      2、與ATCC中 AV-3(CCL-21)細(xì)胞匹配度86%。
      3、在DSMZ中沒有與其100%匹配的細(xì)胞。
      4、在NSTI國家實(shí)驗(yàn)細(xì)胞資源共享服務(wù)平臺(tái)中有與其100%匹配的細(xì)胞“MGC-803”。
      討論：由于在ATCC和DSMZ中都沒有收錄MGC-803細(xì)胞，所以首要工作就是先去了解MGC-803細(xì)胞。在NIST上介紹該細(xì)胞“1980年建系，人胃癌低分化黏液腺癌組織小塊用RPMI-1640培養(yǎng)液培養(yǎng)4天細(xì)胞開始生長”。通過學(xué)術(shù)搜索，發(fā)現(xiàn)該細(xì)胞主要由華人廣泛應(yīng)用于胃癌尤其耐藥性研究，國內(nèi)文章提及來源的是1984年發(fā)表在《生理科學(xué)》的一篇胃癌抗原研究，描述“MGC 803系山東師范學(xué)院生物系由一低分化胃癌患者手術(shù)標(biāo)本建立的胃癌細(xì)胞系”。至此，我們幾乎可以下結(jié)論，該細(xì)胞株屬于國人自建。
      然而，問題還沒有得到充分解決。雖然MGC-803是國人自建，在國外數(shù)據(jù)庫沒有可以理解，但是3個(gè)三等位基因座究竟是污染還是該細(xì)胞特征呢？

      我們接著查看在ATCC和DSMZ與該細(xì)胞高度匹配的細(xì)胞“AV-3”和“Chang Liver”（注：編寫文章時(shí)，HeLa.P3已經(jīng)查無資料，DSMZ匹配度次高的細(xì)胞為 Chang Liver）,發(fā)現(xiàn)這兩株細(xì)胞都被標(biāo)注為 HeLa 污染。在 ExPASy 數(shù)據(jù)庫中也明確提示了MGC-803細(xì)胞可能存在 HeLa 污染呢。至此，我們可以確定，提交給客戶的結(jié)論不變：不能排除有其他人源細(xì)胞污染的可能性。
      
      


      從上面的數(shù)據(jù)分析比較看似簡單、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)也很明確的細(xì)胞鑒定工作中存在著的許多可以探討、斟酌的細(xì)節(jié)。這兩個(gè)案例同樣都是與購買的數(shù)據(jù)庫分型一致，顯示細(xì)胞在實(shí)驗(yàn)人員手上并沒有發(fā)生污染或變異，但是鑒定結(jié)論卻一個(gè)支持為該細(xì)胞，一個(gè)認(rèn)為有污染。