細胞STR鑒定-及時發現您的細胞是否被交叉污染和錯誤辨識
點擊量：發布時間：2020-04-27 21:42:30文章來源：未知
2011年美國國家標準學會專門頒布了一份細胞STR鑒定國家標準；2014 年12 月、2015 年2 月Science 雜志分別發表文章專題闡述細胞交叉污染和錯誤辨識嚴重性；2015 年4 月Nature通知：Nature 旗下雜志將從5 月開始要求作者鑒定論文中所用細胞系；2015年6月有報道稱一科學家由于用錯細胞系，撤銷Nature論文。其實關于細胞污染問題不少機構、學者一直呼吁各個實驗室及相關機構重視。
據統計約30%細胞系被交叉污染或錯誤辨識[1-7]，因使用了交叉污染或錯誤辨識的細胞而導致研究結論錯誤、結果不可重復、臨床細胞治療災難性后果……，這浪費大量時間、精力和金錢。因此近年NIH、ATCC、Nature和Science等對此多次發出呼吁，要求研究者對細胞進行鑒定[4,5,7-11]，如2011年美國國家標準學會專門頒布了一份細胞STR鑒定國家標準[12]；2014年12月、2015年2月Science雜志分別發表文章專題闡述細胞交叉污染和錯誤辨識嚴重性[4,5]；2015年4月Nature通知：Nature旗下雜志將從5月開始要求作者鑒定論文中所用細胞系[10]；2015年6月有報道稱一科學家由于用錯細胞系，撤銷Nature論文。STR（Short Tandem Repeat，短串聯重復序列）基因分型已被ICLAC、ATCC等權威機構作為金標準應用于細胞鑒定[11-13]，目前越來越多的雜志要求在投稿時提供細胞STR分型數據。
STR基因位點由長度為3～7個堿基對的短串連重復序列組成[14]，這些重復序列廣泛存在于人類基因組中，可作為高度多態性標記，被稱為細胞的DNA指紋（如目前我們親子鑒定即采用該技術），其可通過PCR（聚合酶鏈式反應）來檢測。STR基因座位上的等位基因可通過擴增區域內重復序列的拷貝數的不同來區分，在毛細管電泳分離之后可通過熒光檢測來識別，隨后通過一定的計算方法[13,15]，即可根據所得的STR分型結果與專業的細胞STR數據庫比對從而推算出樣品所屬的細胞系或可能的交叉污染的細胞系名稱。
何時需做細胞STR鑒定？
1、發表文章或申請課題經費前；
2、使用細胞進行臨床治療（試驗）前；
3、準備凍存保種或已凍存多年的細胞；
4、一個涉及到細胞試驗項目開始/結束時；
5、新得到的細胞或實驗室培養5代以上的細胞；
6、細胞系表現不穩定或結果與預期差別較大；
7、異體細胞移植后嵌合情況檢查。
已開始要求細胞STR鑒定的期刊：
Nature;
BioTechniques;
Cancer Research;
Cancer Discovery;
Clinical Cancer Research;
Molecular Cancer Research;
Cancer Prevention Research;
International Journal of Cancer;
Molecular Cancer Therapeutics;
Cell Biochemistry and Biophysics;
Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention;
In Vitro Cellular & Developmental Biology – Animal;
......
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專業化團隊：積累了近10年的親子鑒定的資質和資歷，擁有干細胞生物學專業研發隊伍，專業解讀細胞STR數據；
專業的數據庫對比：擁有自主建立的專業、全面的STR數據庫（有近8000條人細胞系STR數據，囊括ATCC、DSMZ、JCRB和RIKEN細胞庫人源細胞的STR數據，約含2000條干細胞系STR數據），首次實現人細胞來源鑒定及可能污染的細胞的辨識；
多基因檢測、高靈敏度：可同時檢測16、21或40個STR位點，僅需3ng DNA即可判斷細胞類型及可能的細胞交叉污染；
常用的21個STR位點名稱：
D5S818D13S317D7S820D16S539VWATH01TPOXAmelogenin （性別位點）CSF1POD3S1358Penta ED2S441D2S1338Penta DD10S1248D19S433D21S11D18S51D6S1043D8S1179D12S391FGA
專業的結題報告：出具正式結題報告書（含STR分型圖譜及搜庫鑒定結果）；
高準確度：符合最新ANSI/ATCC標準，測試結果99.99%與文獻吻合；
標準檢測與分析：ABI 3500XL基因分析儀和最新的GeneMapper V5.0數據處理軟件；
高性價比：高競爭力的服務價格和完善的售后技術支持服務。
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美德華生細胞STR鑒定服務項目：
1、人源細胞STR分型檢測；
2、人源細胞來源一致性檢測；
3、人/鼠細胞交叉污染檢測；
4、干細胞中小鼠源飼養層細胞污染檢測；
5、干細胞中大鼠源飼養層細胞污染檢測；
6、異體細胞移植后嵌合情況檢查。
常見問題解答：
1、若我需要鑒定的細胞沒有文獻報道有STR數據，請問還能做STR鑒定嗎？
答：盡管我司建立的STR數據庫有目前最全的人源細胞系STR數據，但有些文獻未報道STR數據的細胞系（國內自行建立的細胞系）在我們數據庫中可能也沒有其STR數據。不過，我們仍建議您進行細胞STR鑒定，因為通過該項檢測，您可以：1、判斷您培養的該細胞是否被其他細胞交叉污染及其可能被污染的細胞名稱；2、您將是第一個得到該細胞系STR數據（DNA指紋）的人。
2、我的研究結果發不了《Nature》，請問還有必要做細胞STR鑒定嗎？
答：只要您使用細胞從事相關研究工作，我們強烈建議對您的細胞進行鑒定，原因如下：1、目前不止《Nature》需要細胞鑒定結果，很多雜志也陸續要求投稿者提供細胞鑒定數據；2、退一萬步說，即使我們使用細胞的目的不是用來發表文章，如因為我們使用了“錯誤”的細胞或者被其他細胞污染的細胞，而導致得出不可靠的實驗結論，那多年的辛苦豈不白費、可惜？如2014年炒得沸沸揚揚的日本美女科學家小保方晴子的STAP細胞鬧劇，后來證實是污染了胚胎干細胞。
3、請問貴司可以進行人干細胞系鑒定嗎？
答：可以。目前我司的細胞系STR數據庫包含2000來株人胚胎干細胞、hiPSCs、間充質干細胞系STR數據，首次實現了人干細胞系的STR數據比對。
4、請問該如何送樣測試？
答：為保證樣品質量和STR鑒定效果，我們不建議客戶直接送檢自己提取好的基因組DNA。推薦客戶直接寄送細胞沉淀，方法：用PBS將細胞洗2遍后，收集細胞于一干凈無菌離心管中，離心、去上清，即得細胞沉淀（細胞數≥1000,000 個，細胞沉淀應至少肉眼明顯可見），用封口膜封好離心管管口以防止樣品泄漏及其他細胞污染。樣品隨冰袋寄送到我司即可。
5、請問貴司的項目周期為多長？
答：1～48個樣品，在確認收到樣品及相應款項后2～5個工作日內完成鑒定；49～96個樣品，在收到樣品及相應款項后3～7個工作日內完成鑒定工作。
延伸閱讀：
1、從2015年5月起，Nature將審查投稿者論文中所用的細胞系[10]
2、一科學家由于用錯細胞系 撤銷Nature論文
3、Science：實驗室細胞污染影響科學進步[5]
4、文章想投《Nature》？先給細胞驗明正身[7]
5、細胞系錯誤鑒定：終結的開始[11]
6、為什么要做細胞STR鑒定
7、Nature：爭議性STAP論文蓋棺定論
參考文獻：
1. Reid, Y.A., Characterization and authentication of cancer cell lines: an overview. Methods Mol Biol, 2011. 731: p. 35-43.
2. Capes-Davis, A., et al., Check your cultures! A list of cross-contaminated or misidentified cell lines. Int J Cancer, 2010. 127(1): p. 1-8.
3. Chatterjee, R., Cell biology. Cases of mistaken identity. Science, 2007. 315(5814): p. 928-31.
4. Lorsch, J.R., F.S. Collins, and J. Lippincott-Schwartz, Cell Biology. Fixing problems with cell lines. Science, 2014. 346(6216): p. 1452-3.
5. Neimark, J., Line of attack. Science, 2015. 347(6225): p. 938-40.
6. Zhao, M., et al., Assembly and initial characterization of a panel of 85 genomically validated cell lines from diverse head and neck tumor sites. Clin Cancer Res, 2011. 17(23): p. 7248-64.
7. Editorial, It is time for all involved to tackle the chronic scandal of cell-line contamination. Funders first. Nature, 2009. 457: p. 935-936.
8. Masters, J.R., Cell-line authentication: End the scandal of false cell lines. Nature, 2012. 492(7428): p. 186.
9. McLaren, R.S., Y. Reid, and D.R. Storts, Human cell line authentication: the critical first step in any project using human cell lines. Methods Mol Biol, 2013.963: p. 341-53.
10. Announcement: Time to tackle cells’ mistaken identity. Nature, 2015. 520(7547): p. 264-264.
11. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup, A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6): p. 441-8.
12. ANSI/ATCC, Authentication of Human Cell Lines: Standardization of STR Profiling. 2011, ASN-0002-2011.
13. Masters, J.R., et al., Short tandem repeat profiling provides an international reference standard for human cell lines. Proc Natl Acad Sci U S A, 2001.98(14): p. 8012-7.
14. Edwards, A., et al., DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats. Am J Hum Genet, 1991. 49(4): p. 746-56.
15. Sorensen, T., A Method of Establishing Groups of Equal Amplitude in Plant Sociology Based on Similarity of Species Content and Its Application to Analyses of the Vegetation on Danish commons. Biol Skr, 1948. 5: p. 1-34.
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據統計約30%細胞系被交叉污染或錯誤辨識[1-7]，因使用了交叉污染或錯誤辨識的細胞而導致研究結論錯誤、結果不可重復、臨床細胞治療災難性后果……，這浪費大量時間、精力和金錢。因此近年NIH、ATCC、Nature和Science等對此多次發出呼吁，要求研究者對細胞進行鑒定[4,5,7-11]，如2011年美國國家標準學會專門頒布了一份細胞STR鑒定國家標準[12]；2014年12月、2015年2月Science雜志分別發表文章專題闡述細胞交叉污染和錯誤辨識嚴重性[4,5]；2015年4月Nature通知：Nature旗下雜志將從5月開始要求作者鑒定論文中所用細胞系[10]；2015年6月有報道稱一科學家由于用錯細胞系，撤銷Nature論文。STR（Short Tandem Repeat，短串聯重復序列）基因分型已被ICLAC、ATCC等權威機構作為金標準應用于細胞鑒定[11-13]，目前越來越多的雜志要求在投稿時提供細胞STR分型數據。
STR基因位點由長度為3～7個堿基對的短串連重復序列組成[14]，這些重復序列廣泛存在于人類基因組中，可作為高度多態性標記，被稱為細胞的DNA指紋（如目前我們親子鑒定即采用該技術），其可通過PCR（聚合酶鏈式反應）來檢測。STR基因座位上的等位基因可通過擴增區域內重復序列的拷貝數的不同來區分，在毛細管電泳分離之后可通過熒光檢測來識別，隨后通過一定的計算方法[13,15]，即可根據所得的STR分型結果與專業的細胞STR數據庫比對從而推算出樣品所屬的細胞系或可能的交叉污染的細胞系名稱。
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7、異體細胞移植后嵌合情況檢查。
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1、若我需要鑒定的細胞沒有文獻報道有STR數據，請問還能做STR鑒定嗎？
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延伸閱讀：
1、從2015年5月起，Nature將審查投稿者論文中所用的細胞系[10]
2、一科學家由于用錯細胞系 撤銷Nature論文
3、Science：實驗室細胞污染影響科學進步[5]
4、文章想投《Nature》？先給細胞驗明正身[7]
5、細胞系錯誤鑒定：終結的開始[11]
6、為什么要做細胞STR鑒定
7、Nature：爭議性STAP論文蓋棺定論
參考文獻：
1. Reid, Y.A., Characterization and authentication of cancer cell lines: an overview. Methods Mol Biol, 2011. 731: p. 35-43.
2. Capes-Davis, A., et al., Check your cultures! A list of cross-contaminated or misidentified cell lines. Int J Cancer, 2010. 127(1): p. 1-8.
3. Chatterjee, R., Cell biology. Cases of mistaken identity. Science, 2007. 315(5814): p. 928-31.
4. Lorsch, J.R., F.S. Collins, and J. Lippincott-Schwartz, Cell Biology. Fixing problems with cell lines. Science, 2014. 346(6216): p. 1452-3.
5. Neimark, J., Line of attack. Science, 2015. 347(6225): p. 938-40.
6. Zhao, M., et al., Assembly and initial characterization of a panel of 85 genomically validated cell lines from diverse head and neck tumor sites. Clin Cancer Res, 2011. 17(23): p. 7248-64.
7. Editorial, It is time for all involved to tackle the chronic scandal of cell-line contamination. Funders first. Nature, 2009. 457: p. 935-936.
8. Masters, J.R., Cell-line authentication: End the scandal of false cell lines. Nature, 2012. 492(7428): p. 186.
9. McLaren, R.S., Y. Reid, and D.R. Storts, Human cell line authentication: the critical first step in any project using human cell lines. Methods Mol Biol, 2013.963: p. 341-53.
10. Announcement: Time to tackle cells’ mistaken identity. Nature, 2015. 520(7547): p. 264-264.
11. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup, A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6): p. 441-8.
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